Hola Tortxu80,
A ver, yo en este viaje a la gente le digo lo mismo, son 3 ciudades guapisimas, quiza la mas toston y la menos dinamica sea Viena, pero es la leche, para la gente que le gustan los museos y profundizar en palacios y demas, es una pasada!
Para gente como yo, es un poco pastel, ya que me gustan mas las tochadas por fuera, o las ciudades con un poco mas de caña!
Yo te recomiendo que lo hagas de la siguiente forma:
Segun llegas a Viena, puede ser que sea el destino mas barato de los 3 (Esta zona tiene mala comunicacion con low cost) Cogeria un coche y me iria a la mas alejada, Budapest (luego te explico porque), es una de mis ciudades favoritas, es una pasada, te puedes perder por los mil rincones que tiene la ciudad, puentes, barrios, te aconsejo que vayas al Balneario Gellert, el de los cuerpos danone, a todo el mundo que va se lo he recomendado, no es caro y es una pasasa, a todo el mundo que se lo dije, le molo mazo, no es misto, por lo que tienes que ir por un lado y tu parienta por el otro, pero creeme, eso no es inconveniente te dejo la web y una foto para que lo veas, se puede reservar incluso por internet en:
http://www.gellertbath.com/
despues de estar 2 o 3 dias en Budapest, me iria a Praga, otra peazo de ciudad, esta es la leche de bonita, es como un cuentito de niños!!!! Praga es una ciudad impresionantemente bonita, pero si le das traya, en dos dias intensos, te puedes hacer una muy buena idea del conjunto!!! te dejo otra foto de praga:

A la vuelta, lo que te recomiendo, ya que estas por ahi, es pasarte por Bratislava, la capital de Eslovaquia, no esta mal, pero no tiene para dedicarla mas que medio dia, si te la pateas bien, tiene un castillo y una fortaleza muy chula, desde la cual se ve toda la ciuddad, es famosa por unas cuantas estatuas que tiene la ciudad un poco peculiares, no te cuento mas para que las busques y las descubras, te dejo una foto tambien para ir abriendo boca:

Esta es una de las pistas!!!!
y por ultimo Viena, que hemos conseguido con este itinerario??? dejar el pastel para el ultimo momento, es una ciudad muy muy bonita insisto, pero a mi me ha parecido un poco dura de digerir!!!!! de esta no te puedo contar mucho, porque en si sola es mucho!!!!!!! tienes para ver de todo por todos los lados, desde palacios inmensos, amplias avenidas, un centro animado y demas....
De esta manera tambien, dejas los ultimos dias sin coche, para no llegar con prisas a los aeropuertos!!! y tener que buscar la ultima gasolinera 40 minutos antes de uqe salga el vuelo ejejeje eso nos pasa a todos alguna vez!!!!!!
te dejo una foto de Viena y ademas te paso un mapa de cada ciudad, para que te hagas una idea de que ver antes de ir. Por cierto, te recomiendo una guia de multidestinos, como una de Europa central de lonely planet, ya que asi te ahorras llevar 4 guias!!!! yo tengo una, si la quieres, pidemela!!!!
Foto de viena

y de lo que mas me gusto a mi de viena es Palacio Belvedere

Mapas de las ciudades:
BUDAPEST CITY MAP
PRAGA CITY MAP
BRATISLAVA CITY MAP
VIENA CITY MAP
Vamos, que con unos 7 dias mas o menos, te ves las cuatro decentemente!
Cualquier duda mas nos comentas!